近亲结婚会不会对后代有不利影响呢？这个问题有过争论。在人类文明尚未开化的古代，婚配是非常混乱的，不仅旁系血亲，甚至直系血亲之间也可通婚。古埃及统治者认为，只有皇室同族通婚才能保持皇室血统的纯洁和高贵，所以多是亲兄妹结婚。在人类发展过程中，人们发现了直系血亲结婚的极大弊病，逐渐加以禁止，但是对于旁系血亲婚配往往采取容忍的态度。中国多数民族历来禁止堂兄妹结婚，但是表兄妹结婚盛行，已成定俗。民间甚至素有“姑舅亲，亲上亲，打断骨头连着筋”的说法。《钗头风》的作者——大诗人陆游与原妻唐琬就是一对表兄妹。《红楼梦》中贾宝玉和林黛玉、薛宝钗的一段爱情悲剧中，也涉及了姑舅亲和两姨亲。
实际上，从遗传学角度上看，堂兄妹和表兄妹两者之间，无论从血缘关系的亲疏程度或携带相同基因的数量上都是相等的。堂兄妹结婚或表兄妹结婚属于等级相同的近亲结婚，子女患病的危险率也都是相同的。事实上，各种先天性遗传疾病的大部分患者都是各类近亲结婚的后果。摩尔根是19世纪著名的人种学家。他曾致力于研究古代印第安人的人种繁衍。他从研究印第安人的婚姻习俗中得知，血缘过近的婚配对后代子女有害，并提出“没有血缘亲属关系的氏族之间的婚姻，制造出在体质上和智力上都更为强健的人种”这一科学论断。但他自己却与表妹恋爱、结婚，结果遗恨终生。
摩尔根与表妹玛丽自幼一起长大，感情笃深。成年后，虽然对血缘婚配心存疑虑，但痴情难移，终于在33岁那年与表妹结婚。然而，爱情之花却结出痛苦之果。他们养育的3个孩子中，两个女儿因“莫明其妙的遗传病症”夭折，唯一的男孩竟是半痴呆儿。摩尔根告诫人们“不得在氏族内部近亲通婚”，既是他苦心孤诣的研究结果，也是他本人亲身体验的血泪教训。在中国海拔2000多米的四川凉山彝族自治州德昌县境内，聚居着4000名傈僳族人，至今仍保留着族内近亲婚配的习俗，是中国近亲婚配率最高的民族。1980年对该地区的社会学和医学考察发现，该族的近亲通婚率高达58%。
在这些近亲婚配人群中，先天性疾病发生率高达14%。在一个53人的家族中，精神发育迟滞者有5人，躯干肢体畸形者4人，原发性癫痫2人。这就是近亲结婚酿成的惨痛悲剧。中国婚姻法第六条规定：直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。这是从优生学角度出发所制定的。血亲又称血缘，是指人类群体中具有共同祖先的人。直系血系是指“垂直”的血缘关系，如父母与子女、祖父母与孙子女，外祖父母与外孙子女等。旁系血亲则诸如兄弟姐妹、堂兄弟姐妹、表兄弟姐妹、舅、姨、姑、伯、叔等，三代以内有共同的祖先即为“三代以内的旁系血亲”。
为什么近亲结婚和遗传病的发生和延续有密切关系？
这要从遗传学角度来解释。生物的遗传是通过基因传递信息来完成的，基因是遗传的物质基础，通过精子和卵子传给后代，从而父母的性状特点在子代得以表达。每个人大约有5万以上的基因，这些基因一半来自父亲，另一半来自母亲，就是说，每个子女与父母之间的基因有1/2可能相同，所以，同胞兄弟姐妹之间的基因也有1/2可能相同。而爷孙、叔侄、舅甥等之间则有1/4可能相同。
同理，表兄妹、堂兄妹等之间则有1/8可能相同。某些遗传性疾病，致病基因是隐性的，如双亲中一方带有这种基因，而另一方不带，则可使致病基因被掩盖，所以后代不发病。只有当夫妇双方都携带这种隐性基因，且相会时，后代才明显发病。非近亲婚配时，两个相同致病基因互相遇合而引起发病的可能性较低，约为1/2500-1/250000。而近亲结婚的夫妇，由于他们来自同一祖先，双方携带有相同基因的可能性明显大于一般群体。以白化病为例，这种病的特征是皮肤、毛发全为白色。一般群体中携带这种致病基因的频率为1/50，如果非近亲结婚，则子代中发病的机会为1/50×1/50×1/4＝1/10000,假如是表兄妹之间的近亲结婚，则子代中发病的机会为1/50×1/8×1/4＝1/1600,要比非近亲结婚高6倍多。
据调查，患先天性遗传病的病人的父母近亲结婚率为37.5%，近亲婚配子女患病率为41.6%。目前已发现的常染色体隐性遗传病有1232种。除白化病外，较常见的还有先天性聋哑、小头畸形、苯丙酮尿症、半乳糖血症等等。近亲结婚除使隐性遗传病发病率增高外，还可使多基因遗传病发病率增高，常见的有脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫等等。一些遗传病患病危险性在近亲结婚和非近亲结婚的比例是：先天性鱼鳞症是62.7∶1；少年性黑朦性痴呆是36.6∶1；先天性全色盲是18.4∶1。先天性遗传病患儿的出生，不仅给家庭带来沉重的精神、经济负担，而且还影响到整个民族的人口质量。除此之外，近亲婚配的风险还表现在后代婴儿死亡率增高，非近亲所生者死亡率为24‰，近亲所生者死亡率为81‰。
还有人报道，近亲结婚的子女在20岁前死亡者达13.9%，而非近亲结婚仅为1.7%。这些差别是相当悬殊和不容忽视的。有人也可能会提出，既然近亲结婚危害极大，为什么非近亲配偶生的孩子不一定个个健康聪明，而近亲配偶生出的孩子也不一定个个残缺痴呆？这种情况的确存在。
这是由于近亲繁殖只是增加或改变隐性致病基因的分布和互相遇合而引起发病的机会，并不增加或改变致病基因的频率，因而出现“非绝对化”的现象，也就是说近亲繁殖产生不良后代的机率很高，但有时也能产生正常或优于正常的后代。在这里我们诚恳劝告那些青梅竹马、坠入爱情之河的表兄妹们，切不可感情用事，抱着侥幸心理，去偷摘爱情的苦果，否则生出“养之不能，弃之不忍”的孩子，将会抱憾终生。
